物流本钱办理体系首要包含：
（1）物流本钱核算层。物流本钱核算层的首要作业包含：清晰物流本钱的构成内容；对物流总本钱按必定规范进行分配与归集核算；清晰物流本钱核算的意图。
（2）物流本钱办理层。是指在物流本钱核算的基础上，选用各种本钱办理与办理管帐办法，来进行物流本钱的办理与操控。结合物流本钱的特征，能够选用的本钱办理办法首要包含：物流规范本钱办理、物流本钱性态及盈亏平衡剖析、物流本钱预算办理、物流职责中心和物流职责本钱办理等。
（3）物流本钱效益点评层。是指在物流本钱核算的基础上，再进行物流体系对企业收益奉献程度的点评，并进行物流体系经济效益的评估。在此基础上，对物流体系的改变或变革作出模仿模型，寻求最佳物流体系的规划。