物流配送运输管理系统通常包括以下功能和模块：

1. 订单管理：包括订单录入、处理、跟踪和管理，以及订单状态更新和通知功能。
2. 货物跟踪：通过GPS和物联网技术实现货物的实时跟踪和监控。
3. 货运管理：包括货物装卸、运输计划、运输路线规划、运输成本和运输资源管理。
4. 仓储管理：包括库存管理、仓库布局设计、货物存放和管理等功能。
5. 资源调度：对运输车辆和司机进行调度和管理，优化资源利用率。
6. 成本控制：对运输成本、仓储成本、人力成本等进行成本核算和控制。
7. 客户服务：提供客户订单查询、投诉处理、服务评价等功能，增强客户满意度。
8. 数据分析：对物流运输过程中的各项数据进行分析和统计，帮助优化运营管理和决策。

以上是物流配送运输管理系统常见的功能和模块，不同的系统可能会根据具体业务需求有所差异。