物流管理系统通常包括以下功能和模块：

1. 订单管理：跟踪订单的录入、处理和派送流程，包括订单管理、订货管理、发货、退货等功能。

2. 库存管理：控制和优化库存水平，支持库存盘点、库存预警、库存调拨、库存查询等功能。

3. 运输管理：包括货物跟踪、运输路线规划、运输成本分析、运输方式选择、运输执行等功能。

4. 仓储管理：仓库布局规划、仓库作业管理、仓储设备管理、上下架管理、质检管理等功能。

5. 供应商管理：选择和管理供应商，评估供应商绩效，进行供应商合作协议管理等功能。

6. 集成物流：整合多种物流方式和服务商，包括快递、货运、航运、铁路等，实现集成化运输管理。

7. 成本管理：监控和分析物流成本，包括运输成本、库存成本、仓储成本等。

8. 数据分析和报告：提供数据分析功能，生成报表和图表，支持决策分析和业绩评估。

以上是物流管理系统常见的功能和模块，不同的系统可能会有各自特定的功能和定制化需求。