处理商家快递异常件的方式取决于异常的具体情况和快递公司的政策。通常，如果您收到的快递包裹有异常，首先要联系快递公司的客服部门，提供包裹信息和描述异常的情况，询问他们的处理方式。可能的处理方式包括：

1. 联系发件商家：如果包裹是由商家寄出的，您可以联系商家来咨询并解决异常情况。

2. 退回或换发：快递公司可能会要求将异常件退回或提供相应的赔偿，或者重新发放包裹。

3. 申诉索赔：如果包裹遭到损坏或丢失，您可能需要向快递公司提出索赔申请，提供相关证据和信息。

总之，处理商家快递异常件的关键是及时与快递公司联系，了解快递公司的处理政策，并根据情况采取相应措施。