商家使用电子面单计费通常是根据寄送的包裹的重量、体积以及目的地进行计费。通常情况下，快递公司会提供一个根据不同重量和体积进行计费的标准价格表，商家根据这个价格表来计算包裹的运费。另外，一些快递公司也会根据目的地的远近来进行不同的运费计算。此外，还需要考虑快递公司的附加服务费用，比如保价费用、签收费等等。因此，商家在使用电子面单时需要根据具体的情况和快递公司的政策来进行计费。