收到的运输收件人、收入应当在中间纳税。扣缴义务人在国际贸易出口项下向外国公司支付运费时，应当向外汇指定银行提交完税凭证或免税证明。
根据《外国公司船舶运输收款人征税办法》(财税字[1996]087)(以下简称《征税办法》)的规定，外国公司从中国港集团运送乘客、货物或邮件出境的，取得的运输收件人和收入应当在中间纳税。取得运输收入的承运人为纳税人。包括实方派船的期租船外国公司是纳税人；租赁船舶，外国从东为纳税人；中国租用外国船舶转租给外国公司的，外国公司为纳税人；外国公司期租的中国籍船舶，以外国公司为纳税人，其他外国船舷，以其船舶公司为纳税人。缴纳的营业税为收入总额的3%，企业所得税为收入总额的1.65%。
为进一步加强和完善外国司船运输收入税收管理和国际海运行业对外支付管理，国家税务总局、国家外汇管理局2001年12月4日，局发布《关于加强外国公司船舶运输收入税收管理和国际海运业对外支付管理的通知》(国税发[2001]139号)(以下简称《通知》。该通知自2002年5:1日起执行。
(通知)规定，负责取得外国公司的船舶运输收入直接或运费单间接支付个人为外国公司应纳税的扣缴义务人，包括外商独立资本船务公司、国家船舶代理公司国际货运代理机构和其他单位或个人向外界支付国际海运费。扣缴义务人每次向外界支付运费前，向外界支付运费总额金额为应纳税总额，按规定计入税串直接代替纳税人的运费总额扣除应纳税额。同时，扣缴义务人应当分别向当地主管国家税务局报送(代扣代缴外国公司船舶运输向地方税务局提交收入所得税报告表(代扣代缴)外国公司船舶运输收入营业税报告表)。
根据中国与其他田家签订的避免双重征税协议，互免海运企业国际运输企业收入协议、海运协议与英他有关的协议或变更，外国公众公司可以享受减税或者免税待遇的，应当自行或者委托其扣除缴纳义务人分别向当地主管国家征税局填写(外国公司船舶运输收入免征企业所得税证明)，向当地主管地方税务局填写(外国公司船舶运输收件人免征营业税证明表)，并提供其他相关证明文件。最终申报免税或不能提供相关证明证明文件的，不享受免税待遇。外国公司不能及时提交免税证明的，应当先按照规定纳税，取得免税证明后再办理退税。
扣缴义务人在国际贸易出口项下向外国公司支付运费时，应当向指定的外汇银行提交完税凭证或者免税凭证。不能按要求提供完税凭证或者免税凭证的，不得向外汇支付。根据《税收牧业征收管理法》的规定，扣缴义务人应当扣除最终扣除、应收但不收取税款的，税务机关应当向纳税人追缴税款，扣缴义务人应当扣除最终扣除、应收税款50%以上三倍以下的罚款。