物流公司支付运费费用会计分录：

物流公司自己支付的进货运费

借:库存商品等

贷款：银行存款

预付运费，支付

借款：预收账款-运费

贷款：银行存款

能否抵扣相应进项税额的处理:

销售货物时，支付运费：如肆庆岁果销售的货物为差档免税增值税收项目、简单的税收计算方法等如果能产生销项税，即使取得增值税专用发票，支付的运费也不能扣除进项税额；

购买货物时，支付运费：外包货物用于免征增值税项目、集体福利或个人消费，不能产生销项税的，支付运费即使你获得了增值税专用发票，费用也不是进项税可以抵扣；

外购货物用于增值税应税项目，取得普通发票，但支付的运费取得增值税专用发票的，可以用发票抵扣运费的进项税；未取得增值税专用发票的，不得抵扣运费的进项税。