京东商城的物流模式主要是自建物流体有两种系与自建体系 第三方物流相结合。
　　(1)自建物流系统
　　2009年，京东网上商城陆续在天津、苏州、杭州、南京、深圳、宁波、无锡济南等23个重点城市建立了城市配送站。最后，配送站将覆盖全国200个城市，由自建快递企业提供物流配送、货到付款、移动POS刷卡、上门更换等服务。此外，北京、上海、广东的仓储中心也扩大到8万平方米，仓储吞吐量全面增加。
目前，华北、华东、华南三大物流中心已覆盖全国各大城市。2009年3月，京东网上商城投资2000万元成立上海圆迈快递企业。上海、华东乃至全国的物流配送速度和服务质量全面提升。
　　2010年4月初，京东商城率先在北京等城市推出“211限时达”配送服务。2010年5月15日，京东占地200亩华东物流仓储商城在中心，投资数千万的自动传送带已投入使用。工人们手持PDA，开着小叉车在数万平方米的仓库里分配商品。这是京东到目前为止到目前为止，最大的仓储中心，承承担一半销售额的物流配送，也是企业向物流建设投入2100万美元的70%结果。在这里，京东每天都很正常处理2.5万个订单，日订单处理能力达到5万个订单。在此基础上，企业计划于2011年在嘉定建成15万至15万个订单超大型仓储中心18万平方米，它的规模将是鸟巢的8倍。
　　(2)自建体系 第三方物流相结合
　　虽然京东商城2010年获得100亿元销售额，但其主要业务阵营仍局限于北京、上海、广州等经济发达城市。随着互联网应用的深入，京东的业务阵营已扩展到二级城市或三级城市。然而，如果我们在中国的每个二级城市建立自己的物流或运输企业，我们就会成为至少要几百亿。更何况现在，二级城市的利润不足以维持物流中心的运营。