控制是调节系统能达到预期目标的一切手段。所谓物流成本控制是采用特定的理论、方法、制度等对物流各环节发生的费用进行有效的计划和管理。
物流成本控制方法，包括绝对成本控制法和相对成本控制法。
（1）绝对成本控制
是把成本支出控制在一个绝对金额以内的成本控制方法。绝对成本控制从节约各种费用支出，杜绝浪费的途径进行物流成本控制，要求把营运生产过程发生的一切费用支出都列入成本控制范围。标准成本和预算控制是绝对成本控制的主要方法。
（2）相对成本控制
是通过成本与产值、利润、质量和功能等因素的对比分析，寻求在一定制约因素下取得最有经济效益的一种控制方法。
相对成本控制扩大了物流成本控制领域，要求人们在努力降低物流成本的同时，充分注意与成本关系密切的因素，诸如产品结构、项目结构、服务质量水平、质量管理等方面的工作，目的在于提高控制成本支出的效益，既减少单位产品成本投入，提高整体经济效益。
物流系统的成本控制要贯彻以下几项原则：
（1）正确制定物流活动的成本标准，运用标准严格贯彻成本责任制。
（2）一般和重点相结合，着重按例外原则控制物流费用支出。
（3）上下结合、定期和日常相结合、专家和群众相结合、单向活动和集成过程相结合，全面的进行物流成本控制。