按笔直方向，物流信息系统能够划分为三个层次，即管理层、操控层和作业层;在水平方向，信息系统贯穿供给物流、出产物流、出售物流、收回废弃物物流的运送、仓储、转移装卸、包装、流转加工等各个环节，呈金字塔结构。在笔直方向上还能够进一步划分为数据层、事务层、运用层、操控层、方案层。