物流管理系统软件通常包括以下功能：
1. 订单管理：包括订单的创建、分配、跟踪和处理。
2. 仓储管理：包括库存管理、入库出库管理、仓库布局优化和库存跟踪等功能。
3. 运输管理：包括运输路线规划、运输成本控制、运输跟踪等功能。
4. 供应链管理：包括供应商管理、采购管理、交货时间跟踪等功能。
5. 物流数据分析：包括物流成本分析、业务数据报表、预测分析等功能。
一些知名的物流管理系统软件包括SAP Extended Warehouse Management、Oracle Transportation Management、Manhattan Associates WMS、JDA Software和Infor WMS等。