第三方物流管理系统软件有很多种，其中一些主要的系统包括：

1. SAP Extended Warehouse Management (SAP EWM)：SAP的扩展仓储管理系统，提供对物流过程的端到端管理和控制。

2. Oracle Transportation Management (OTM)：甲骨文（Oracle）的运输管理系统，用于规划、执行和优化物流运输过程。

3. Manhattan Associates’ Supply Chain Management (SCM) Suite：曼哈顿联合公司的供应链管理套件，包括仓储管理、运输管理和分销管理等模块。

4. JDA Software (Now Blue Yonder) Warehouse Management System (WMS)：JDA软件（现为Blue Yonder）的仓储管理系统，用于优化库存管理和仓储操作。

5. Descartes Systems Group：提供物流技术解决方案，包括运输管理、全球贸易合规和供应链执行等。

以上是一些比较知名的第三方物流管理系统软件，每个系统都有其独特的特点和适用场景，请根据实际需求选择最适合的系统。